روز 9 دی 1358، روزنامه‌ی جمهوری اسلامی – ارگان حزب – فقط نام یک نامزد را برد: جلال‌الدین فارسی. دو روز بعد آیت‌الله سیدمحمد بهشتی، دبیرکل حزب جمهوری اسلامی، رسماً او را به‌عنوان نامزد این حزب برای شرکت در انتخابات ریاست‌جمهوری 5 بهمن 1358 معرفی کرد.
در تبلیغات «استاد جلال‌الدین فارسی» را «اولین رئیس‌جمهور ایران»، «مرد قلم، فکر و سلاح، در خط امام»، «اسلام‌شناس متعهد و انقلابی»، «مبارز همیشه در سنگر و قهرمان فکر و قلم و بیان و جهاد و…» معرفی می‌کردند که صفات رئیس‌جمهور از نظر امام را بیش از دیگران دارد: مسلمان، متعهد به اسلام، پیرو احکام اسلام، ملی، دلسوز و خدمتگزار به ملت، با سوابق خوب، نه غرب‌زده و نه شرق‌زده، معتقد به اصل 110 (ولایت‌فقیه).
همه چیز برای رقابت با ابوالحسن بنی‌صدر آماده بود که از قم به حزب جمهوری اسلامی پیام رسید که جلال‌الدین فارسی اصالتاً افغانی است و صلاح نیست درباره‌ی اولین رئیس‌جمهور ایران حواشی درخصوص تابعیت مطرح باشد. در قانون اساسی یکی از شرایط نامزدی انتخابات ریاست‌جمهوری «ایرانی‌الاصل» بودن نامزد بود و از آنجا که گفته شد اجداد او از شهر هرات افغانستان به ایران مهاجرت کرده بودند، شائبه‌ی غیرایرانی بودن او پررنگ شد. روزنامه‌ی جمهوری اسلامی این شائبه را رد کرد و نوشت: «جلال‌الدین فارسی اجدادشان در فارس بوده و زمانی که هرات جزء خاک ایران بوده است به هرات مهاجرت نموده‌اند و سپس 80 سال پیش پدرشان به مشهد آمده و در آنجا ساکن شده‌اند و تابعیت ایرانی دارند. ایشان به دلیل فشار رژیم شاه و کشف حجاب و مشکلات دیگر شناسنامه‌ی ایران را دریافت ننموده بودند.» (27 و 27 دی 1358)
فارسی اما در کتابش اشاره‌ای به اینکه اجدادش از استان فارس به هرات رفته‌اند نکرده است. علی‌اکبر ناطق نوری نوشته شیخ علی تهرانی بیشتر به این شائبه که فارسی افغانی است دامن می‌زد.
بالاخره پس از چند روز کشمکش درونی، در 25 دی 1358، فارسی از نامزدی ریاست‌جمهوری کناره‌گیری کرد.
با حذف جلال‌الدین فارسی امکان معرفی نامزدی دیگر برای حزب جمهوری اسلامی فراهم نشد و در نهایت قرار شد از دکتر حسن حبیبی حمایت شود که کاندیدای مورد پشتیبانی نهضت آزادی بود. نتیجه اما به سود بنی‌صدر تمام شد؛ پیروزی با کسب 75.7 درصد آرا.
