در جلسه شورای مرکزی جدید این حزب، اعضا پس از بررسی برنامه‌های آقایان محمدعلی امانی و حمیدرضا ترقی، نامزدهای دبیرکلی، محمدعلی امانی را به عنوان دبیرکل حزب مؤتلفه اسلامی در دوره چهاردهم انتخاب کردند.
با این انتخاب و هدایت بزرگان حزب، مدیریت از نسل اول به نسل دوم حزب منتقل شد.
محمدعلی امانی از خاندان سیاسی مذهبی امانی و فرزند مرحوم حاج سعید امانی معتمد امام خمینی(ره) و امام خامنه‌ای در بازار است که به دلیل حضور عموی شهید خود حاج صادق امانی و نیز مرحوم حاج هاشم امانی و پدر خود، در متن نهضت انقلاب اسلامی رشد یافت و در مبارزات علیه رژیم پهلوی حضور داشت و از همان سالها در کنار بزرگان موتلفه اسلامی قرار گرفت.
وی که در جامعه تعلیمات اسلامی و دیگر مدارس اسلامی تحصیلات خود را پی گرفت، دانش آموخته مدیریت می‌باشد.
امانی از نخستین روزهای پس از پیروزی انقلاب اسلامی و بر اساس نظر مسئولان وقت مؤتلفه اسلامی، عضو حزب جمهوری اسلامی شد و پس از تعطیلی آن، فعالیت تشکیلاتی را در موتلفه اسلامی در جایگاه‌های مختلف از جمله عضو شورای مرکزی، دبیر اجرایی، قائم مقام دبیرکل و نایب رئیس هیات داوری دنبال کرد.
مدیریت اجرایی و پشتیبانی تشکیلات اصولگرایان در انتخابات مختلف از دیگر سوابق امانی است.
فعالیت در کنار دیده بان انقلاب شهید حاج سید اسدالله لاجوردی دادستان انقلاب اسلامی مرکز از جمله سوابق محمدعلی امانی در نخستین سالهای بعد از پیروزی انقلاب اسلامی است.
وی همچنین در ادامه مسیر پدر خود در ستاد دیه و رسیدگی به امور زندانیان نیازمند و نیز خدمات رسانی در صندوق‌های قرض الحسنه فعالیت دارد و در حال حاضر عضو هیات مدیره سازمان اقتصاد اسلامی می باشد.
عضویت در هیات منصفه مطبوعات از دیگر مسئولیت‌های محمدعلی امانی است.
