حسینی که قبل از فینال جام حذفی ، مورد توجه مسئولان سپاهان بود و مذاکرات جدی ای هم با مدیران باشگاه اصفهانی داشت، اما بعد از قهرمانی استقلال به طور رسمی در مصاحبه ای اعلام کرد که با افتخار در تیم محبوب خود می‌ماند و علاقه‌مند است چند سال دیگر فوتبالش را در استقلال دنبال کند. همین موضوع تصورهایی را مبنی بر اینکه حسینی اولین بازیکن تمدیدی استقلال خواهد بود را ایجاد کرد.
با این حال موضوع تمدید قرارداد حسینی با استقلال هنوز به سرانجام نرسیده و حتی بحث هایی درباره مذاکرات باشگاه با برخی گلرهای دیگر هم به میان آمده است.
با وجود اینکه مذاکرات کاپیتان استقلال با مدیران باشگاه برای رسیدن به توافق همچنان در حال انجام است، برخی باشگاه های مطرح لیگ برتری برای استخدام سیدحسین حسینی اقدام کرده‌اند. بر اساس پیگیری های خبرنگار ما سه باشگاه لیگ برتری فولاد خوزستان، گل گهر سیرجان و پیکان تهران که همچنان در نقل و انتقالات تابستانی دروازه بان جدیدی به خدمت نگرفتند، به جذب کاپیتان استقلال علاقه‌مند شده‌اند و با او صحبت هایی نیز انجام داده‌اند.
در فولاد خوزستان اکتیر یوسوپوف دروازه‌بان ازبکستانی یک فصل دیگر قرارداد دارد اما بحث هایی درباره عدم حضور او در ایران به گوش می رسد و از سوی دیگر یحیی گل‌محمدی هم علاقه دارد سیدحسین حسینی را در اختیار بگیرد.
گل‌گهر سیرجان هم بعد از جدایی محمدرضا اخباری و حضور او در سپاهان، هنوز جایگزینی برای او پیدا نکرده‌اند. مهدی تارتار که بعد از بازی گل‌گهر و استقلال در مصاحبه خود به تمجید از سیدحسین حسینی پرداخته بود، حالا هم دوست دارد کاپیتان استقلال را جذب کند.
از سوی دیگر باشگاه تهرانی و ریشه‌دار پیکان هم در بازگشت به لیگ برتر به دنبال جذب یک دروازه‌بان مطرح است؛ پیکانی‌ها که در روزهای گذشته با حامد لک و احمد گوهری مذاکرات جدی‌ای داشتند، حالا با توجه به شرایط پیش آمده برای حسینی، با او تماس‌هایی را برقرار کردند تا در صورت جدایی او از استقلال در دیگر تیم پایتخت فوتبالش را ادامه بدهد.
با همه این مسائل حسینی فعلا اولویت خود را روی تمدید قرارداد با استقلال گذاشته است؛ کاپیتان استقلال فعلا پاسخی به باشگاه های خواهان خود نداده و باید دید در روزهای آینده چه سرنوشتی در انتظار حسینی خواهد بود.
