حجت الاسلام یدالله حبیبی نماینده پیشین ولی فقیه در وزارت دفاع در یادداشتی به عملکرد و رفتار دبیر پیشین شورای عالی امنیت ملی انتقاد کرد و نوشت: امیر دریابان علی شمخانی از بقیة‌السلف سپاهیان و مجاهدان و امتحان داده‌های جبهه و جنگ است و کارنامه پرباری از جهاد و خدمت در بخش‌های اجرایی و راهبردی نظام دارد.
شجاعت در میدان، شهامت در بیان، ذهن تحلیل‌گر، صداقت و گریز از نمودها و تأکید بر بودها یعنی بی‌نقش وتکلف، نگاه جامع به مسائل، رفیق نواز، خطرپذیر، سعه صدر در مدیریت، تحمل پذیر، مدیرپرور، مسجدساز و مسجد دوست و… از خصوصیاتی هستند که من از او سراغ دارم وامیدوارم امروز که بعنوان یک کهنه سربازومشحون از تجارب است این خصوصیات فرایند ومراحل کمال وتمام خودش را طی کرده باشد.
شاید در ذهن کثیری از مردم او همچنان رزمنده بسیجی، سپاهی و امیر باشد وشناختی از سایر فعالیتهای او نداشته باشند وخاطره فرماندهی نیروی زمینی سپاه وحضور در نیروی دریائی ارتش و وزارت دفاع را در ذهن خود مجسم کنند.و کسانی او را بواسطه مسئولیتهای ستادی خارج از نیروهای مسلح بشناسند ولی امروز جمع کثیری از مردم بواسطه فضای مجازی آقای شمخانی را در جبهه اقتصادی می‌شناسند اگرچه حضور او همانند تعداد قابل توجهی از صاحب منصبان ارشد نظام در بخش اقتصادی در سایه است و فرزندان وخویشان حضور مستقیم آنان را غیر ضرور نموده است.
این از آثار عصر اطلاعات وانفجار اطلاعات است که کره زمین را به مثابه یک خانه با دوربین مدار بسته، تصویر نگاری می‌کند و لحظاتی بعد به نمایش میگذارد که در نوع خود بسی مطلوب است اگرچه بدور از آسیب و تهدید نیست.
آقای شمخانی از جمله افرادی است که حضور خود و فرزندان جبهه وجنگ را در فعالیتهای اقتصادی ضروری، شرعی و یک عمل انقلابی می‌داند یعنی اینکه کشورگرفتارجنگ اقصادی و تحریم‌های ظالمانه است (صغرای قضیه) وکسانی توانائی و شایستگی حضور در این جبهه را دارند که امتحان داده و کشور را از جنگ تحمیلی نجات داده‌اند و به نظام و انقلاب باور دارند نظیر ما (کبرای قضیه) پس ما نسبت به حضور در این جبهه وظیفه داریم (نتیجه). بنابراین حضور در جبهه اقصادی نه تنها مذموم نیست بلکه ممدوح ومشکور است چراکه با همه وجود درک میکنیم مشکلات اقتصادی وتحریمها چه بلائی برسر مردم آورده است و فقر بر گروه‌های زیادی از مردم چنان مجسم نموده است که خوف فتنه کفر وعصیان می‌رود پس آقای شمخانی و پسران وامثالهم کار بزرگی انجام داده و می‌دهند وبجای سرزنش باید مشکور باشند.
اما و صد اما که خود آقای شمخانی زیرک نیز می‌داند چرا بازتاب اجتماعی عمل مجاهدانه آنها گونه‌ای دیگر است، چرا مردم بجای تشکر باید سرزنش کنند ودر هر محفل ومجلس باید صحبت ایشان و فرزندان وی و سایرین باشد؟
حقیقت این است که مردم اولا در جریان درست اطلاعات و اطلاع‌رسانی نیستند وتاکنون ندیده ونشنیده‌اند فعالان اقتصادی کلان، گزارشی از نقطه آغاز وفراز و فرود خود را به مردم ارائه دهند ومدیریت در ابهام وانتظار اینجا هم اثر بد خود را گذاشته است واز طرفی برای مردم قابل قبول نیست به هر دلیل مسئولین وفرزندانشان فعالیتهای اقتصادی بکنند.
شاید مفروضشان این است که بدون رانت محال است به این سطح از ثروت برسند. پس راهکار چیست؟ راهکار این است که بین دو کار یکی را قبول کنند حضور در ساختار نظام بدون فعالیت اقتصادی ویا حضور در بازار وبخش خصوصی و بدون داشتن مسئولیت. شاهد زنده این مقوله رفتار و آداب مقام معظم رهبری است. مگر ما مدعی اطاعت از او نیستیم! حوزه اطاعت شامل قول، فعل و تقریر رهبری است و از این حیث حجت را بر همه تمام کرده است.
من به برادر عزیز شمخانی عرض میکنم فعالیت اقتصادی الزامات والتزامات خود را دارد چون خود را اولی از دیگران به نصیحت میدانم به ایشان و همردیفان ایشان درکشوری ولشکری توصیه میکنم تکلیف خود را از حیث فعالیت اقتصادی روشن کنید وافکارعمومی را با اصلاح امور اقناع کنید.
برای مردم قابل پذیرش نیست وقتی چندین دهک تا پایان عمر امکان تهیه مسکن ندارند، بیش از شصت میلیون نفر یارانه بگیر هستند، مشکلات اقتصادی از جمله پاشنه آشیل‌های نظام است، سن ازدواج بالا رفته است وده ها مشکل وآسیب ذهن مردم را مشغول کرده است مشاور بالاترین فرد کشور مجلس عروسی خود را در هتل کذائی برگزار کند و ما را در پاسخگوئی به این مقولات ناگزیر به نوشتن این نصیحت نامه بکند.
اگر این مجالس را ثروتمندان بخش خصوصی برگزار کنند که می‌کنند مگر اشکالی دارد؟ مهمترین پشتوانه ما در حدوث وبقاء انقلاب اسلامی، مردم بوده و هستند واین توصیه امام خمینی(ره) نیز هست، پس هوای مردم را داشته باشیم. امیدوارم برادر عزیزم علی شمخانی از نصیحت دوست خود نرنجد و این نوشته را تذکری بداند که دلسوزانه تقدیم او می‌شود
